San Juan de la Encinilla está situado en el centro de la Moraña, en medio de tierras llanas y onduladas.

Se accede al pueblo desde San Pedro del Arroyo o desde la carretera CL507 y dista 13 km de Ávila, 83 km de Salamanca y 127 km de Madrid.

A dos km del pueblo, en el camino a Sigeres, en el paraje de Canalizas, está la laguna Redonda, de aguas permanentes y salobres, de poca profundidad, con bastante vegetación de cobertera donde anidan azulones, cucharas, gansos, agachadizas comunes, avefrías, cigüeñas y otras aves.

En sus inmediaciones se encuentra el despoblado de Aldeanueva.

En el pueblo destaca el valor patrimonial de su iglesia declarada Bien de Interés Cultural en la categoría de monumento histórico-artístico.