La iglesia de San Juan Bautista, llamada también San Juan de los Reyes, tiene ábside mudéjar, apenas visible desde la plaza, cuerpo de una sola nave cubierto con bóvedas barrocas en el siglo XVIII y una torre de tres cuerpos.

Es una iglesia románica del siglo XII-XIII. Es una de las once parroquias documentadas en 1250.

Por encontrarse adosada a la muralla, esta iglesia ha sido objeto de diferentes interpretaciones. Parece cierto que fue la muralla la que se adaptó a la primitiva fábrica de la iglesia, quedando convertida su torre mudéjar en cubo de muralla por el que pasaba el camino de ronda. En su base se ubica una capilla barroca y sobre ésta, una estancia abovedada, estructura de la propia torre. La parte superior está rematada con una galería con bolas escurialenses y balaustrada del XVI y chapitel octogonal de pizarra, barroco.

En su cabeza aún se aprecian arcadas dobles, restos del ábside mudéjar de la primitiva fábrica contigua al palacio con claras referencias de haber estado unida al mismo.

En su fachada sur destaca la torre, con dos arcos por un lado apuntados y recuadrados en alfiz. Sobre el, años más tarde, se eleva una balaustrada pétrea de clásicas bolas escurialenses.

En la portada sur encontramos una escultura de San Juan ya bastante mutilada.

Es de una sola nave abovedada con decoraciones cardinas góticas. Alargada a finales del XV, con  sucesivas ampliaciones; está decorada en su interior por la bóveda y yeserías barrocas.

El retablo mayor procedente de la iglesia de los jesuitas es barroco. En la central hay una talla de San Juan Bautista y sobre el una pintura de San Miguel Arcángel. En los laterales encontramos imágenes de la Inmaculada.

Dentro del templo destacan: un Cristo gótico, la magnífica escultura románica de marmol de San Zacarías, padre de San Juan Bautista, de mediados del s. XII, con características propias del románico-borgoñón, y un retablo de pequeñas dimensiones dedicado a la Asunción de la Virgen, del s. XVI.