La iglesia de San Juan Bautista fue declarada monumento histórico-artístico en 1982.

Tiene capilla mayor pentagonal cubierta con bóveda de crucería con terceletes y combados que se corresponden al exterior con estribos prismáticos.

En el paño izquierdo del ábside se abre un arcosolio que acoge los restos del licenciado Encinas, canónigo de Palencia e inquisidor.

Es templo de tres naves separadas por enormes arcos semicirculares apoyados en columnas dóricas.

En el retablo mayor del siglo XVI, finalizado en 1553, se combinan perfectamente las esculturas y las pinturas organizadas en cinco calles, tres cuerpos y un banco que representan escenas de la vida de San Juan Bautista, de la Virgen y de Jesús, desde la Anunciación hasta Pentecostés.

Trabajaron en él escultores como Isidro de Villoldo y Cornielis de Holanda y pintores del círculo de Juan de Borgoña.

En la sacristía se halla un retrato del obispo Manuel Gómez de Salazar, natural de San Juan de la Encinilla, promotor de la llamada Venta del Obispo, junto al Alberche, y sobre cuya controvertida actuación en tiempos de la Guerra de la Independencia debaten aún los historiadores.