La primitiva ermita es construida en los siglos XIII al XIV, con sucesivas y posteriores ampliaciones. Es erigida en parroquia en 1466. 

Fue erigida para evitar que los vecinos tuvieran que desplazarse a la abadía de Burgohondo para asistir a los oficios litúrgicos.

Posee cuatro arcos carpaneles del siglo XV, sostenidos por seis columnas de piedra decoradas con interesantes capiteles en motivos vegetales y una pila bautismal románica de principios del siglo XIII, finamente labrada.

Tiene una portada decorada con alfiz de bolas unidas, cuerpo de tres naves y una torre levantada a mediados del siglo XX.

No se conoce el origen de la mariana devoción a la Virgen de los Villares pero como demuestran algunos documentos conservados en el Archivo Municipal de Burgohondo es antigua en el tiempo .. "don Melchor Pérez de Arteaga, abad mayor de esta Abadía del Burgo hondo (...), en veynte y dos días del mes de febrero de mill y quinientos y nobenta años .. ( ordenó ), que se ocuparen las rentas dellas especialmente en una capellanía que doctaron don Juan Villarejo y su muger en una iglesia de las dichas subsidiarias, de Santa María de los Villares ,del dicho lugar de Navaluenga." Libro Alberche Mágico de J.A. Calvo Gómez

Frente a la nueva sacristía, en el lienzo del muro que soporta el pilar situado en la epístola del templo, encontramos embutida una gran inscripción datada en 1550 que está siendo investigada y que nos podría remitir hasta la primera ampliación del templo que situábamos entre los siglos XV-XVI, “Juan Villarejo dejó una capellanía en esta igl(es)i(a) para q(u)e (e)n este altar se digan dos misas cada semana, la una los lunes, de requien por las ánimas de (é)l y de su muger y de sus defuntos, y la otra el sábado de N(ues)tra S(eñor)a, por la misma intención.Son patrones de (e)lla los alcaldes y rector y regidores de (e)ste lugar (de) Navaluenga. Y el capellán (h)a de ser hijo de V(illarejo), si lo oviere. Y para esto dejaron sus vienes. Año 1550” J. A. Clavo Gómez

Su singular belleza la hace única en la zona.

VisIta en horas de culto. .