Es de estilo gótico, su fundación en 1480 se debió al tesorero de los Reyes Católicos, Hernán Núñez de Arnalte, quien otorgó poder a su esposa, María Dávila y a Fray Tomás de Torquemada para que actuasen en su nombre para la fundación de un convento de dominicos en Ávila en honor de Santo Tomás de Aquino.

En 1482 comenzaron las obras que duraron hasta 1493.

Los Reyes Católicos eligieron el convento como residencia de verano y enterramiento del heredero de la corona, su hijo el príncipe Don Juan en el sepulcro realizado años después.

Fue empleado como tribunal de la inquisición y posteriormente como universidad.

Desde el punto de vista artístico y arquitectónico se trata de un monumental conjunto formado principalmente por una iglesia de planta de cruz latina de una sola nave y tres claustros, el claustro del silencio, noviciado y de los reyes.

El monasterio de Santo Tomás cuenta con el Museo Oriental. Abierto por primera vez en 1964, este museo se ha transformado con el tiempo y hoy lo componen once salas totalmente reformadas que acogen obras de Japón, Vietnan, Filipinas y China. Hoy en día, sólo existen dos museos de arte oriental en toda España: este y el de los padres agustinos de Valladolid.