El convento de San José es la primera fundación conventual llevada a cabo por Santa Teresa quien contó con el apoyo de importantes personalidades, como el obispo Álvaro de Mendoza. Es Monumento Nacional desde 1968.

Fue construido en el año 1562, si bien la iglesia, su elemento arquitectónico de mayor interés, comenzó a levantarse en 1607. Esta fue diseñada por el arquitecto Francisco de Mora (1553-1610), quien concibió un templo de una única nave, cubierta con bóveda vaída y cúpula en el crucero.

Su fachada principal, configurada en dos planos partidos con frontón en la parte superior y pórtico de tres arcos en la inferior, fue una de las más imitadas en las construcciones religiosas del siglo XVII y fue adoptada como modelo de la órden de Nuestra Señora del Monte Carmelo.

En su interior se encuentra la capilla de los Guillamas, donde se guardan los sepulcros orantes de esta familia.

El edificio sirve de sede al Museo Teresiano de las carmelitas descalzas.